淮安市疾病预防控制中心（淮安市卫生检测检验中心）为淮安市卫生健康委下属的全额拨款公益性事业单位，于2003年3月根据疾病预防控制体制改革的要求，在原淮安市卫生防疫站的基础上组建成立，主要承担全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究等政府对社会的疾病预防控制职能。
中心主办公区建筑面积近3万㎡（淮安市枚皋路6号），独立实验楼1.3万㎡，具有优美的内外环境、一流的办公条件、现代化的卫生应急处置指挥中心和健康教育演播大厅、设施完善的职工活动中心、大型正规食堂。下设办公室、财务科、应急办、质量管理科、科教信息科、后勤保卫科、传染病防治科、慢性病地方病防治科、消毒与媒介生物防治科、公共卫生科、营养与食品卫生科、皮肤性传播疾病防治科（性病艾滋病防治科）、结核病防治科、预防性体检科（皮肤病医院门诊部）、检验科、健康教育所、12320公共卫生电话呼叫中心17个科室。
中心核定编制216人。现有硕士以上人员68人、江苏省“333”人才4人、省突出贡献中青年专家1人、市“533”英才工程培养对象31人，系南京医科大学、南通大学等高等院校的教学实习基地。十三五以来，累计承担国家自然科学基金面上项目3项、青年基金项目1项、其他省市级项目50余项，年均发表学术论文110篇以上，获国家、省、市级科技奖8项、国家专利8项、医学新技术引进奖6项。
中心设有临床实验室、病原菌实验室、高毒高危实验室、结核病实验室、食源性致病菌实验室、艾滋病确证实验室（初筛中心）、病毒免疫实验室、PCR室、病毒培养实验室、卫生细菌室（含1000能净化实验室、PFGE实验室等）、仪器分析室（含气相色谱实验室、原子吸收实验室、气-质联用实验室、液-质联用实验室、ICP-MS实验室等）、食品理化室、环境理化室、放射卫生实验室、地方病实验室、职业卫生实验室、寄生虫参比实验室、病原媒介实验室18个专业实验室，拥有原子吸收分光光度计、高压液相色谱仪、气相色谱仪、荧光光度计、原子荧光仪、酶标仪、电子分析天平、热释光剂量仪、全自动血细胞分析仪、半自动生化分析仪、多普勒彩超、DR等各类现代化检测仪器设备总值5100余万元。于1989年在全省率先通过省级计量认证，先后建成食品检验机构、健康相关产品法定检验单位、国家流感监测网络实验室、国家细菌分子分型网络实验室、食源性疾病分子溯源网络（TraNet）实验室、职业健康检查机构、职业卫生技术服务机构。
自成立以来，中心贯彻“预防为主、防治结合”方针，有效应对“非典”、新冠肺炎疫情、人感染H5N1、H7N9禽流感、甲型H1N1流感、“5.12”汶川特大地震等，全力服务“健康淮安”，各项成果丰硕，连续32年保持“江苏省文明单位”荣誉称号，被授予全国消灭脊髓灰质炎先进集体、全省卫生系统先进集体、全省疾病预防控制工作先进集体、市五一劳动奖章等称号。